En 1945 llegó el primer descenso de la institución de Floresta, pero esta tristeza duraría muy poco, sólo una temporada tardó en volver al fútbol grande de los sábados, ya que el 17 de noviembre de 1946 faltando 2 fechas por jugarse se consagró campeón del torneo de Tercera División, al ganarle 2 a 1 con dos goles de Maceda a J.J. Urquiza, en su vieja cancha de Caseros. Los 12.000 albos que se estima que presenciaron el partido festejaron con los jugadores el primer campeonato obtenido. La vuelta olímpica se repitió en Floresta jugando contra Juventud de Bernal, donde el Albo ganó 3 a 1, y se volvió a reiterar en la última fecha enfrentando como visitante a Sportivo Alsina, quien se consagró subcampeón. Vale destacar que en este campeonato All Boys marcó 91 goles en 24 fechas, y sólo le marcaron 16, por lo que fue un torneo ganado con amplia superioridad.
Otra vez en la plana principal del fútbol de ascenso, aunque esto no duraría mucho, ya que de la noche a la mañana a principios de 1950, una reestructuración tan inesperada como sospechosa, argumentando que varios estadios no estaban en condiciones reglamentarias, descendió a All Boys a la tercera categoría, llamada Primera División Amateur, junto a 7 equipos más.
